La historia comienza tres semanas después del juego Mega Man X5, un científico llamado Gate fue a explorar la zona de la colisión de Eurasia donde encontró ahí un objeto raro, un chip, que contenía el ADN de Zero.
Al darse cuenta de las grandes posibilidades, lo lleva a su laboratorio
para examinarlo, sin embargo y sin darse cuenta de ello, Gate es
infectado con el virus llamado Zero Virus.
Aquí Isoc,
quien es el ayudante de Gate, entra en el laboratorio y le da la idea
de construir un robot más poderoso que cualquier otro, así nace High-Max
en base del ADN de Zero. Debido al Virus Zero, Gate piensa crear una
nación para los Reploids en el cual no existiesen los humanos.
Version undub, mismas razones del X5