Jennifer Simpson es una niña que vive en un orfanato y que, un día, recibe la noticia de que el señor Barrows quiere adoptarla a ella y a sus amigas. Barrows es un millonario que vive en una mansión conocida como Clock Tower (La torre del reloj) por la gran torre de reloj que tiene en uno de los laterales de la casa.

El juego empieza en el momento en que Mary, la mujer del señor Barrows, lleva a las chicas a la mansión y las deja en el hall de entrada mientras va a buscar al futuro padre adoptivo. Las muchachas se acaban preocupando por la tardanza de Mary y Jennifer se ofrece a investigar.

Tras escuchar un grito desgarrador, Jennifer descubre que sus amigas han desaparecido, que las luces del hall están apagadas y que la mansión está en el más absoluto de los silencios... Hasta la aparición de un niño psicópata armado con unas tijeras gigantescas que atormentará a Jennifer durante el transcurso del juego.