La historia de Danganronpa Another Episode: Ultra Despair Girls transcurre entre el primer y el segundo juego, donde la protagonista Komaru Naegi, la hermana de Makoto (protagonista del primer titulo) se encuentra encerrada en una habitación sin saber por qué y es atacada por los Monokumas que invaden Ciudad Towa, tierra sin ley en la que los niños han tomado el control frente a los adultos de forma un tanto macabra.