Danganronpa Zero es una novela ligera de dos volúmenes que trata sobre los acontecimientos ocurridos antes de Danganronpa: Trigger Happy Havoc.
La historia gira en torno a una chica amnésica llamada Ryōko Otonashi que es estudiante en la Academia Kibougamine, y al neurólogo de lengua afilada Yasuke Matsuda, con quien está encaprichada. Debido a su constante pérdida de recuerdos a corto y largo plazo, Ryōko tiene muy poco interés en el mundo que la rodea, a excepción de Yasuke, que le brinda tratamiento regular. Yasuke, por otro lado, parece estar muy estresado por ella y por la situación de la escuela.