Fire Emblem: Mystery of the Emblem es el tercer juego de la saga Fire Emblem, y el primero lanzado para Super Nintendo. Como los primeros juegos de la franquicia, fue publicado en Japón en exclusiva.

El título se divide en dos partes, llamadas "libros". El Libro Uno es un remake del primer juego de la saga: Fire Emblem: Shadow Dragon and the Blade of Light. El Libro Dos es la secuela del anterior libro, con una nueva historia donde vuelven a aparecer los mismos personajes.