Lucy Baker es una detective novata que trabaja en Scotland Yard y que ha sido asignada como ayudante del inspector Alfendi Layton, hijo del conocido Profesor Layton. Juntos trabajarán para resolver todos los casos que se les presenten en la "Mystery Room". Sin embargo, Lucy irá descubriendo poco a poco que Alfendi esconde un oscuro secreto, lo que hará que se complique trabajar con él.