Neptune se encuentra exiliada y amnésica tras ser traicionada por Black Heart, White Heart y Green Heart en la última batalla de la guerra de las consolas; así pues, nuestra protagonista se embarca en un viaje para recuperar sus recuerdos y liberar a Historie, el tomo sagrado del mundo que narra su historia, en el cual conseguirá que sus viejas enemigas la ayuden en su empresa además de Compa e IF, sus nuevas e inseparables amigas.