Han pasado solo 6 meses después de la destrucción de Sigma y su Rebelión Reploid, pero los Mavericks
no han sido eliminados por completo. Un grupo de Mavericks, aún leales a
los ideales de Sigma, ha sido localizado en una fábrica abandonada de
producción de Mecaniloides. Gracias a los esfuerzos del Dr. Cain han sido localizados, y la nueva generación de Maverick Hunters, ahora liderados por X,
se han movilizado para destruir lo que ellos creen es el último reducto
de la rebelión Maverick, pero no todo salió como se planeó. Un nuevo
grupo de Mavericks se ha alzado en revuelta bajo el mando de un grupo
conocido como los X-Hunters.