Los Maverick se propagan rápidamente por todo el mundo, amenazando la poca existencia humana restante en la Tierra. Para prevenir esto, un Reploid llamado Dr. Doppler ha creado un poderoso antivirus que prevendrá el surgimiento de más Mavericks. Para apoyar sus pruebas, se crea la Ciudad Doppler (Doppler Town) para reunir en ella a los Reploid de prueba. Para asegurar la vida humana en Doppler Town, los cuarteles de los Maverick Hunters se relocalizan en este lugar.
Al final se revela que todo era una trampa del mismo Dr. Doppler,
todos los Reploids con el antivirus se hacen Mavericks y se ponen al
servicio del mismo. Esa misma tarde organizan un ataque a los cuarteles
de los Maverick Hunter, X y Zero logran repeler el ataque y se disponen a atrapar a Doppler para que revierta el caos que ha originado.
Romhacking: Blade133bo, darksamus993 nuevo logo, Justin3009Project zero 4.1
Traducción: Blade133bo
Corrección: blade133bo
Edición de gráficos: blade133bo
Betatesting: el de siempre
Hay dos parches uno en la version 4.0 y otra con la 4.1
Ambos llevan incluidos el parche Msu-1