El mundo de Baten Kaitos (constelación de la gran ballena) es una gran extensión de islas con mucha magia, en donde algunos pocos pueden extraer la esencia de todo lo que exista por medio de cartas a las que llaman Magnus. El Gran Imperio de Alfard y su ejército, tienen el control mediante cuerpos militares especiales, entre los cuales destaca el Dark Service. En él algunos soldados trabajan en conjunto con robots a los cuales llaman Paramáchica y que funcionan como equipo élite de las fuerzas especiales.

Sagi, nuestro protagonista, es un ser poco común, pues se le llama "espiriter", se supone que puede hablar con seres superiores, dispone de unas alas mágicas a las cuales llaman “Alas del Corazón” y además es acompañado por una marioneta mágica.