Han pasado varios años desde la derrota de la Deidad del Pecado, y Gamindustri ha permanecido en paz desde entonces.

Pero un día, Neptune es enviada a otra dimensión debido a ciertas circunstancias. La dimensión en la que acaba le resulta familiar, es clavadita a Gamindustri, pero con un nostálgico toque ochentero...

Tal como llega, se entera de la existencia de un misterioso grupo llamado los "Siete Sabios", los cuales planean crear una Gamindustri en la que las CPU sean innecesarias y causarán muchos problemas a Neptune y a sus nuevas amigas.

Neptune tendrá que embarcarse en una nueva aventura por tal de proteger esta nueva dimensión y regresar a casa.