Mega Man X5

En Mega Man X5, la Repliforce ha sido erradicada por completo. Con la paz restablecida, los Hunters reclutan varios nuevos oficiales, incluyendo a Alia quien funge como navegadora. Desafortunadamente, los Maverick Hunters reciben una alerta sobre una fuerza maligna desconocida que ha tomado la colonia espacial "Eurasia", con lo cual envían a X y Zero a investigar. Ambos descubren que el responsable de ello es Sigma y entran en una batalla con el Virus Sigma e involuntariamente lo esparcen por toda la Tierra. Esto resulta ser otro de los planes malignos de Sigma.

X y Zero se reportan a la base y Signas, su oficial comandante, nota que el Virus Sigma se ha esparcido con gran rapidez y Eurasia colisionaría con el planeta, por lo que era necesario destruirla. Alia menciona que la única arma aún funcional es el Cañón Láser Enigma pero es muy antigua, dudando sobre su efectividad y que también existe un Transbordador Espacial, el cual servirá para destruir la colonia, pero fue infectado por el virus haciendo inútil la función de piloto automático, por lo que alguien deberá pilotearla. Douglas, ingeniero de los Hunters, dice que necesita nuevos componente para mejorar el Cañón Enigma y algunos Reploids que han sido infectados por el Virus poseen dichos componentes. La lucha comenzará contra los cuatro Maverick que poseen las piezas.