Final Fantasy VI se inicia con la "Guerra de los Magos", en la que se enfrentaron humanos y espers, criaturas que poseían poderes mágicos. Esta guerra se saldó dejando el mundo reducido a cenizas, y humanos y espers viviendo por separado. Mil años más tarde, cuando el poder de la magia parece haber caído en el olvido, un poderoso grupo militar conocido como el "Imperio" comienza una campaña expansionista que destruye toda resistencia y somete a las distintas naciones del mundo. Para esto, el Imperio utiliza las capacidades mágicas de los espers, que introduce en humanos mediante técnicas de ingeniería genética.

Una noche, una pequeña unidad formada por dos soldados y una joven, entra en la ciudad-estado de Narshe, donde se rumorea que habita un esper en las profundidades de las minas. Tras una sangrienta entrada por la fuerza, logran llegar a la estancia donde habita la criatura milenaria, pero ésta aniquila a los dos soldados y establece una comunicación mental con la chica, la cual era controlada mentalmente para combatir en el bando del Imperio. Terra, como recuerda que se llama la joven, entrará en contacto con Locke, un ladrón que forma parte de una organización de resistencia clandestina frente al Imperio: Los Retornantes. La vida de Terra, y con ella el mundo entero, cambiarán para siempre a raíz de este suceso.