Super Contra

La historia tiene lugar en diciembre del 2634 d.C, un año después de los sucesos del Contra original. Una llamada inquietante de socorro del General Hal es recibida, él estuvo en su camino a Suramérica, preparando las séptimas maniobras militares del Ejército GX, reportando que entonces el Ejército GX se ha rebelado. La rama superior de las fuerzas de la Federación suscitan a Bill Rizer y Lance Bean para investigar la situación. Ellos llegan a las ruinas de la base, sólo para ser atacados por tropas del Ejército GX. Al fijarse en el color de su piel decolorada de azul y sus ojos rojizos, Bill Rizer y Lance Bean contraatacan el fuego enemigo, y luego descubren criaturas de aspecto familiar alojadas dentro de sus cuerpos. Los alienígenas que lucharon en Galuga de cualquier manera han sobrevivido y mutado en sus formas. La situación se vuelve más sombría en el hecho de que no sólo Bill Rizer y Lance Bean están quitando la mayoría de sus antiguos compañeros de armas, sino por una nueva forma evolutiva de los Alienígenas invasores.