La historia de Zone of the Enders gira en torno a Leo Stenbuck, un chico de Antilia, una colonia espacial que orbita alrededor del planeta Júpiter. Antilia es atacada por fuerzas de la organización BAHRAM, que capturan a Leo y a sus amigos. Tras un ataque de BAHRAM, sus amigos mueren aplastados por un robot que cae sobre ellos y él consigue escapar hasta un hangar, cayendo accidentamente sobre la cabina de un robot de combate llamado Jehuty. Con la ayuda de la IA del robot, llamada ADA, Leo se enfrentará a las fuerzas de BAHRAM, defendiendo a Jehuty de quienes pretenden hacerse con él.