Un adolescente que quedó huérfano a temprana edad regresa a la ciudad de su infancia, Iwatodai, para estudiar en el instituto Gekkoukan. Al poco de empezar las clases es atacado por unos seres sombríos que solo aparecen a medianoche y que se alimentan de las mentes de sus víctimas.

Este ataque despierta su Persona interior, una manifestación de su mente y su única oportunidad para vencer a estas sombras de la noche. Pronto descubre que otros estudiantes de la escuela también tienen ese poder y que se han unido en un club escolar como tapadera para luchar de forma activa contra estas sombras.

De ellos lo aprende todo sobre la Hora sombría, una franja de tiempo oculta al resto de los mortales que separa un día del siguiente y que sume al mundo en las sombras. Con sus compañeros, deberá luchar contra la amenaza de las sombras y a la vez explorar el Tártaro, una torre extraña y gigantesca repleta de peligros.